烟气在线监测设备在实际运行中在所难免会出现故障，那样出现故障后怎样处理，如何保障在线监控数据信息不会因机械故障而丢失，及其机械故障时长多久范围之内恢复过来是我们应该注意的。
首先根据要求：污染物自动监测设备出现故障不能正常使用的，排污单位或是运营企业必须在出现故障后十二小时内向型有管辖权的监督管理组织汇报，并立即维修，确保在五个工作中日内恢复过来。运作停止运营期内，排污单位或是运营企业应当按照有关规定和技术规范，采用手工检测等形式，对污染排放情况实时监测，并报送统计数据。
再根据要求：污染物自动监测设备维修、拆换，必须要在48小时之内修复自动监测设备正常运转，设备不能正常运行期内，应采取人力取样检测的方法申报数据信息，数据报送每日不得少于4次，间距不能超过6钟头。
此外还有2017年环保部公布《固定污染源烟气（SO2、NOx、颗粒物）连续排放监测技术规范》所规定的烟气在线监测系统软件出现异常或其他问题的现象：
CEMS必须停止使用、拆卸更换的，应当事先报检主管部门批准。
运作企业发觉故障或收到常见故障通告，需在4h内到达现场予以处理。
对于一些非常容易确诊的故障，如阀门控制失效、膜裂损、供气阻塞、数据采集仪卡死等，可携带专用工具或是配件到现场进行目的性检修，该类故障处理时长不得超过8h。
若文件存储/温度控制仪出现故障，需在12h内修补更换新，并确保已采集的数据不丢失。
监测仪器因常见故障无法正常收集、传送数据时，应及时向主管机构汇报，缺失数据按12.2.4予以处理。
烟气在线监测设备出现异常后需在48小时之内恢复过来运作，若不能在48小时之内回应在线监控系统的正常使用，就需要定期做4次手工检测并上传数据，间隔不得超过6h（手工制作检测费由排污单位担负）。
